มูลนิธิฯ ได้ให้ความสำคัญต่อการสร้างวัฒนธรรมองค์กร เพื่อก้าวไปสู่การเป็น "องค์กรที่ดีที่สุดในประเทศไทย ด้านการผลิตทันตนวัตรกรรม" โดยจัดทำรูปแบบจำลองการสร้างวัฒนธรรมองค์กรผ่านตัวแบบ DIF Hexagonal Crytral Model ขึ้นเพื่อเป็นการกำหนดค่านิยมองค์กร (Core Value) และใช้ยึดถือ ปฏิบัติมาอย่างต่อเนื่องตั้งแต่เริ่มจัดตั้งมูลนิธิฯ
มูลนิธิทันตนวัตกรรม ในพระบรมราชูปถัมภ์ มุ่งยกระดับคุณภาพชีวิต และแก้ไขปัญหาทันตสาธารณสุขในปัจจุบันของประเทศ อันจะนำไปสู่การพัฒนาประเทศด้านทันตสาธารณสุขตามแนวพระราชดำริ ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร เรื่องการศึกษาวิจัยและสิ่งประดิษฐ์ทางทันตกรรม ภายใต้กรอบแนวทางการดำเนินงาน 9 ข้อ คือ
1. เริ่มต้นจากการพึ่งพาตนเอง โดยการสร้างนวัตกรรม วัสดุ เครื่องมือ และอุปกรณ์
2. ใช้แนวทางเศรษฐกิจพอเพียง
Have stunning modules with a project. 3. ใช้วัตถุดิบหรือทรัพยากรภายในประเทศ
4. ใช้กระบวนการวิจัยและพัฒนาเหมาะสมกับประเทศไทย
5. พัฒนาตามสภาพการสนับสนุนที่เอื้ออำนวย
6. มุ่งเน้นการแก้ปัญหาทันตสาธารณสุขของคนไทยและเศรษฐกิจไทย
7. สร้างความร่วมมือทั้งภายในและภายนอกหน่วยงาน
8. พัฒนาบุคลากรใหม่
9. มีระบบติดตามการใช้งานนวัตกรรมและการประเมินผลระยะยาว
มูลนิธิกำหนดให้การวางระบบงานที่เหมาะสมกับองค์กรเป็นแผนงานหลัก อันจะนำไปสู่การกำกับดูแลที่ดี มีการดำเนินที่เป็นระบบ มีประสิทธิภาพและประสิทธิผลตามวัตถุประสงค์ การบริหารจัดการภายในองค์กรมีความโปร่งใส สามารถตรวจสอบได้ พร้อมพัฒนาขีดความสามารถของบุคลากรในด้านการปฏิบัติงานและการตัดสินใจ เพื่อรองรับการดำเนินงานด้านวัฒนธรรมองค์กร (Corporate Culture) ร่วมกัน โดยมุ่งหวังให้เกิดขึ้นระหว่างผู้ปฏิบัติงานในฐานะที่เป็นองค์กรดำเนินงานรับใช้โต้เบื้องพระยุคลบาท สนองพระราชกระแส และเพื่อประโยชน์สุขของประชาชน
มูลนิธิมุ่่งเน้นการศึกษาวิจัยพัฒนานวัตกรรมด้านทันตกรรม เพื่อแก้ปัญหาโรคทางทันตกรรมสำหรบัผู้สูงอายุ (Geriatric Dentisitry) เป็นหลัก เนื่องจากปัจจุบันมีปริมาณผู้สูงอายุเพิ่มขึ้นจำนวนมาก และมีปัญหาสุขภาพช่องปากที่หลากหลายรูปแบบ โดยร่วมมือกับหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ทำการคิดค้นพัฒนาเพืื่อผลิตนวัตกรรมที่ใช้ในการรักษาฟื้นฟู และป้องกัน เช่น แก้ปัญหาการสูญเสียฟัน ฟันฝุและรากฟันผุ โรคปริทันต์ โรคมะเร็งในช่องปาก สภาวะน้ำลายแห้ง ฟันสึก และปัญหาเลือดไหลไม่หยุดเนื่องจากยา เป็นต้น ควบคู่กับการศึกษาความเป็นไปได้ในการพัฒนาผลิตภัณฑ์ทางทันตกรรมต่างๆ ซึี่งมูลนิธิจะใช้กระบวนการวิจัยและพัฒนาประเภทการวิจัยประยุกต์ (Applied Research) แล้วผลิตเป็นผลิตภัณฑ์ตามมาตรฐานสากล และกฏหมายที่เกี่ยวข้องที่บังคับใช้อยู่ในปัจจุบัน
งบประมาณดำเนินกิจการของมูลนิธิฯ ได้รับการอุดหนุนจากรัฐบาล ผ่านสำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ (สำนักงาน กปร.) ซึ่งเป็นงบประมาณแผ่นดิน ดังนั้น มูลนิธิฯ จึงกำหนดแผนการใช้จ่ายงบประมาณให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ และเกิดประโยชน์สูงสุด สอดคล้องสัมพันธ์กันระหว่างด้านรายรับและรายจ่าย พร้อมเน้นความถูกต้องโปร่งใสและการตรวจสอบได้จากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เช่น ระบบการจัดซื้อจัดจ้างมีระเบียบของคณะกรรมการมูลนิธิฯ พ.ศ. 2553 เป็นระเบียบปฏิบัติอ้างอิง การพัสดุและคลังสินค้ามีการตรวจนับและรักษาอย่างเข้มงวด เพียงพอต่อการใช้งานแบบทันเวลา ระบบบัญชีและการเงินมีกระบวนการตรวจสอบมาตรฐานการบัญชีอนุญาตทั่วไป และรายงานผลต่อหน่วยงานเกี่ยงข้องอย่างสม่ำเสมอ มีะรบบทวนสอบกลับตามข้อกำหนดของมาตรฐานสากลที่ใช้อ้างอิงเช่นกัน
งานศึกษาวิจัยพัฒนาด้านทันตกรรม เป็นศาสตร์ที่ต้องใช้องค์ความรู้และผู้เชี่ยวชาญเฉพาะด้านจากหลากหลายสาขา และเมื่อวิจัยพัฒนาจนสามารถผลิตเป็นผลิตภัณฑ์หรือบริการได้แล้ว จึงจะส่งต่อให้ผู้ใช้และผู้รับบริการ เช่น ทันตแพทย์ ผู้ป่วย ดังนั้น กระบวนการจึงต้องดีมีคุณภาพมาตรฐาน เกิดความเชื่อมั่นในผลิตภัณฑ์ และต้องตอบสนองต่อสภาวการณ์ของโรคได้เป็นอย่างดี มูลนิธิฯ จึงสร้างความร่วมมือกับหน่วยงานภาครัฐและเอกชนทั้งในประเทศและต่างประเทศ โดยสร้างเครือข่ายและส่งเสริมการมีส่วนร่วมในการดำเนินงานร่วมกันผ่านโครงการนำร่องสาธารณสุขกุศลต่างๆ เช่น โครงการฟันเทียมและรากฟันเทียม พระราชทาน 999 ชุด โครงการอาหารพระราชทาน เป็นต้น จากนั้นจะมีการป้อนกลับข้อมูล เพื่อนำไปปรับปรุงพัฒนาอย่างต่อเนื่อง
ดำเนินการโดยศูนย์พัฒนาอาหารทางการแพทย์และเวชภัณฑ์เฉลิมพระเกียรติ รัชการที่ 9
ดำเนินการโดยศูนย์พัฒนารากฟันเทียมไทยเฉลิมพระเกียรติรัชการที่ 9
ดำเนินการโดยศูนย์พัฒนาระบบบริการและคลินิกทันตกรรม
เพื่อให้ประชาชนได้เข้าถึงประโยชน์จากผลงานวิจัยและพัฒนานวัตกรรมที่ผลิตได้เองในประเทศ โดยมีการติดตั้งเครื่องจักรผลิดระบบ UHT และเครื่องจักรบรรจุแบบปลอดเชื้อสำหรับใช้ในการผลิตนวัตกรรมอาหาร ซึ่งได้รับการรับรองมาตรฐาน GMP HACCP จาก TUV NORD (Thailand) Ltd. และได้รับการรับรองมาตรฐานผลิตภัณฑ์อาหารฮาลาล จากสำนักงานคณะกรรมการกลางอิสลามแห่งประเทศไทย และการรับรองมาตรฐานระบบ HAL-Q ในการผลิตอาหารฮาลาลจากศูนย์วิทยาศาสตร์ฮาลาลจุฬาลงกรณ์มาหาวิทยาลัย
ผลิตสินค้าได้มาตรฐานมีความปลอดภัย เป็นไปตามความนต้องการของลูกค้า เน้นการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง
จากข้อมูลของผู้ใช้ผลิตภัณฑ์ วุ้นชุ่มปาก (OMJ) ที่มูลนิธิฯ ได้ผลิตบรรจุในแบบถ้วย (Cup Filler) เพื่อแจกจ่ายให้ผู้ป่วยและผู้ที่มีปัญหาปากแห้งน้ำลายน้อยตั้งแต่ปี พ.ศ.2560 - 2563 พบว่าผู้ใช้ผลิตภัณฑ์มีความไม่สะดวกต่อการใช้าน และการพกพา และหลังจากการเปิดบรรจุภัณฑ์แล้วในระหว่างการใช้มีความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนสูง มูลนิธิฯ จึงวางแผนพัฒนาบรรจุภัณฑ์ในรูปแบบอื่น โดยปรับเปลี่ยนบรรจุภัณฑ์ให้อยู่ในรูปแบบถุงเพาช์ (Pouch) ซึ่งง่ายต่อการพกพาและมีความเสี่ยงต่อการปนเปื้อนน้อยกว่า
ในปีงบประมาณ 2564 บริษัท พีอาร์ไนน์ จำกัด ได้บริจาคเงินเพื่อจัดซื้อเครื่องจักรและอุปกรณ์ระบบฆ่าเชื้อแบบ Retort เพื่อให้ผู้ใช้งานมีความปลอดภัยสะดวกสบายในการบริโภคมากขึ้น
ระบบมาตรฐานที่มูลนิธิฯ ได้รับการรับรอง
ผลิตสินค้าได้รับมาตรฐานมีความปลอดภัย
เป็นไปตามความต้องการลูกค้า
เน้นการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง
มูลนิธิทันตนวัตกรรม ในพระบรมราชูปถัมภ์
มุ่งมั่นผลิตผลิตภัณฑ์เจลลี่โภชนา วุ้นชุ่มปาก
ที่มีคุณภาพมาตรฐาน สะอาด ปลอดภัย
ต่อผู้บริโภค ถูกต้องตามกฏหมาย
สอดคล้องตามบทบัญญัติศาสนาอิสลาม
รวมถึงตามระบบบริหารจัดการด้านคุณภาพ
เพื่อรับประกันและรับผิดชอบ
ต่อสภาพฮาลาลของผลิตภัณฑ์และบริการ